blog pai poenja

DNA Barcoding Workflow

Posted in Forensic Entomology & DNA Barcoding by paibiopai on March 28, 2011

Species identification through barcoding is usually achieved by the retrieval of a short DNA sequence – the ‘barcode’ – from a standard part of the genome (i.e. a specific gene region) from the specimen under investigation. The barcode sequence from each unknown specimen is then compared with a library of reference barcode sequences derived from individuals of known identity. A specimen is identified if its sequence closely matches one in the barcode library. Otherwise, the new record can lead to a novel barcode sequence for a given species (i.e. a new haplotype or geographical variant), or it can suggest the existence of a newly encountered species.

Various gene regions have been employed for species-level biosystematics, however, DNA barcoding advocates the adoption of a ‘global standard’, and a 650-base fragment of the 50 end of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase I (COI, cox1) has gained designation as the barcode region for animals. This fragmentsize has been selected so that a reliable sequence read can be obtained by a single sequence pass in conventional cycle sequencing platforms. Shorter fragments of COI have also been shown to be effective for the identification of specimens with degraded DNA, however, where a 650-base sequence is not easily obtainable. In addition, the usability and robustness of COI in a standard highthroughput barcoding analysis have been extensively assessed.

Other researchers have suggested that alternate loci might also serve as a basis for species identification. For example, (more…)

Advertisements

untitled – 2

Posted in Merangkai Kata, Scholar Ideas by paibiopai on March 27, 2011

seringkali sebelum berpidato, atau berbicara di muka umum, kita berucap: “Segala syukur kita panjatkan kepada Allah . . .”

apakah hanya sekedar ucapan? Sudahkah sebenar-benarnya kami bersyukur?

“ I never thought about
all the things You have given to me
I never thanked You once
I was too proud to see the truth“

Mulai dari membuka mata hingga menutup mata kembali,, dari ujung rambut hingga ujung kaki.. tak ada yang luput dari kegratisan yang Allah berikan kepada kita.

Jika boleh berlayang-layang pada dunia imajinasi, tak ada oksigen yang beredar bebas di udara yang kita hirup, ataupun kalaupun ada, setelah kita hidup, kita ditagih untuk biaya produksi oksigen itu, sanggupkah kita membayar? Tak ada tagih menagih yang Allah lakukan, malah surgaNya sudah menanti bagi para hamba-hambaNya yang bersyukur,, lantas bagaimana dengan hambaNya yg kufur akan nikmatNya? Sesungguhnya siksa Allah amatlah pedih.. na’udzubillahimindzaalik

“Dan (ingatlah juga), tatkala Tuhanmu memaklumkan; “Sesungguhnya jika kamu bersyukur, pasti Kami akan menambah (ni’mat) kepadamu, dan jika kamu mengingkari (ni’mat-Ku), maka sesungguhnya azab-Ku sangat pedih”.” (QS. Ibrahim:7)

 

Kalaupun boleh bertanya-tanya kembali, mengapa warna merah terlihat merah? Mengapa warna ungu, yang telah menjadi warna yang kusuka pun, telihat ungu? Atau mengapa warna hijau tetaplah terlihat hijau? Sedikitnya pernahkah kita bersyukur dengan warna biru yang takpernah terlihat coklat? Atau sebersit terimakasih dengan warna hitam yang takpernah terlihat putih?

Masa kecilpun, seekor gajah yang terlihat sangat kokoh dan perkasa itu, menjadi sesuatu yang saya favoritkan. Bagaimana ia bisa dengan tegap berdiri kuat. Saat itu pun dengan naif berangan-angan, apa yang terjadi saat gajah itu tak memiliki belalai, mungkin akan terlihat lebih gagah. Hmm, angan-angan seorang anak kecil. Namun saat angan-angan itu saya ulangi kembali saat ini, apa yang terjadi saat seekor gajah itu tak memiliki belalai? Bagaimana ia minum yang notabene air itu berada di bawahnya, bagaimana ia makan yang notebene rumput-rumput itu tumbuh jauh di bawah tubuhnya pula? Pasti akan terjungkal !  Subhanallah,, suatu keseimbangan hidup yang Allah ciptakan pada seorang gajah. Subhanallah !!

Pernahkah kita berpikir hal tersebut? Karena Allah telah ‘memikirkannya’ terlebih dahulu.. Lantas, bagaimana Allah mengatur agar -paling tidak hingga saat ini- semua planet-planet ini beredar pada tempatnya, takpernah bersinggungan satu dengan yang lain, bagaimana matahari terus bersinar agar bisa menjadi sumber energi bagi tumbuhan tuk terus bisa memproduksi oksigen tuk kita hidup?

Banyak orang yang sudah dikaruniai kekayaan materi di dunia ini, namun tetaplah ia gelisah, gundah dan merasa tak aman hidupnya. Lalu, buat apa kekayaan materi itu tanpa adanya kekayaan hati yang ia miliki?

“Allah, I wanna thank You
I wanna thank you for all the things that you’ve done
You’ve done for me through all my years I’ve been lost
You guided me from all the ways that were wrong
And did you give me hope”

“(yaitu) orang-orang yang beriman dan hati mereka manjadi tenteram dengan mengingat Allah. Ingatlah, hanya dengan mengingati Allah-lah hati menjadi tenteram” (QS. Ar-Ra’d: 28)

 

Kita bersyukur bukan karena kita bahagia, tapi kita dapat bahagia apabila kita bersyukur.

 

Tagged with: , ,

We are Our Mother !

Posted in Scholar Ideas by paibiopai on March 22, 2011

Udah lama ga nulis, mencoba berhadapan dengan mesin ketik lagi,,

 

Sudah lama diriku menjadi diriku, ya, sekitar 21 tahun (bentar lagi 22, semakin tua, hmm, yg penting awet muda).. 21 tahun ini diriku tetaplah diriku, tapi saat kubuka album biru, penuh debu dan usang, (malah nyanyi,),, balik lagi, saat kubuka album-album fotoku, saat sekolah SMA dlu, masih kurus-kurus aje, tapi sekarang tambah ganteng lah ya,, pas SMP, masih kliatan imutnya,, apalagi pas SD, chubby abiss.. pipi padat berisi, n masih putih !! hheu, tergerus jaman, jadinya item sekarang..

Tu pas SD, gimana saat balita yak, mundur lagi, saat ku digendong-gendong ma ibu tersayang, dimandiin pake sampo zwitsal (bener ga siy nulisnya?).. hmm.. kuberpikir-pikir lagi, gimana bentuknya diriku ini saat ku masih dikandungan ? gimana bentuknya diriku ini saat masih belum berbentuk ??  ga rugi jadi (mantan)mahasiswa biologi , jadi ngerti prosesnya, hehe

Yup, kita semua ini, dulu bukanlah kita yang sekarang ini, yang ganteng-ganteng n cantik-cantik.. kita hanyalah berawal dari satu sel ! satu ! bayangkan, hanya satu !  (iye iyee..)

—–>>>> 

Tapi dari satu sel, bisa jadi kayak manusia gini,, hmm subhanallaah

Kita semua tau dua sel induk yang kemudian akan menjadi diri kita, yaitu sel spermatozoa dari ayah, dan sel ovum dari ibu. Kedua sel ini bergabung menjadi satu, terus terus memperbanyak dan mengcopy dirinya sebanyak mungkin, dan jadilah diri kita.

 

EIITSS,, dua sel induk itu bergabung ???  SALAH !!

Ternyata kedua sel tersebut tidak bergabung.. he? Kok bisa? (more…)

status YM si saiyah

Komentar Man-Teman

Emmett on What happen after death ? -pat…
yanto on pohon cabe tumbuh ga pake tana…
Ahmad Akbar on Cerita Jawa: JaKa TingkiR
itz'chal was here on Cerita Jawa: JaKa TingkiR
pulsa on postingan pertama

Archives

My Photographs on Flickr

102_2866 copyDSC00953-2 copykembang
More Photos

Blogroll

Internet Tips Download